Papeete ban đầu được sử dụng làm nơi neo đậu tàu thuyền bởi những người châu Âu, tuy nhiên sau đó họ chuyển sang Malava cách đó một chút về phía tây. Thành phố Papeete trở nên quan trọng trong năm 1818 bởi nhà truyền giáo người Anh William Crook. Nữ hoàng Pomare IV thiết lập tòa án của mình trong năm 1827. Nó chính thức trở thành thủ đô của Tahiti (và nói chung của Vương quốc Tahiti) với việc bắt đầu thiết lập chính quyền bảo hộ của Pháp trong năm 1842.Papeete bị đánh bom ngày 22 tháng 9 năm 1914 trong Chiến tranh thế giới thứ nhất và quân tình nguyện viên đã đến thành phố. Thành phố Papeete đã trải qua sự tăng trưởng đáng kể từ những năm 1960, do việc xây dựng sân bay quốc tế và đặc biệt là việc các cơ quan nhà nước và tư nhân thành lập các trung tâm thí nghiệm ở Trung Thái Bình Dương, tạo ra một làn sóng nhập cư từ các đảo khác và đã xuất hiện một đô thị chính thức.

Ngày 05 tháng 9 Năm 1995 chính phủ Jacques Chirac đã tiến hành vụ nổ thử nghiệm hạt nhân ngoài khơi bờ Moruroa. Một cuộc bạo động phản đối diễn ra tại Papeete kéo dài hai ngày với kết quả sân bay quốc tế đã bị hư hỏng, làm 40 người bị thương, ảnh hưởng đến ngành du lịch một thời gian.[4][5]. (tương tự như vụ bạo loạn xảy ra sau khi một thử nghiệm hạt nhân của Pháp trong khu vực năm 1987).